Duda sobre tener cientos de enlaces salientes a una misma web

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Hola a todos,:)

soy nuevo por estos rumbos y también en lo que se refiere al SEO, este sitio es excelente.

Espero alguna persona pueda sacarme una duda, en una de mis webs en wordpress tengo intercambio de enlaces con webs del mismo nicho o muy similares, pero he puesto el codigo de los enlaces en el index.php ya que no hay otra forma por la estructura de mi theme. La cuestión es que al hacer esto los enlaces aparecen no solo en el home sino en practicamente todas las categorias y tags, tengo más de 40 categorias y 500 tags, ¿Es esto perjudicial? Lo unico que he podido conseguir es que no aparezcan los enlaces salientes en los post, y en paginas creadas para anexar al theme, espero alguien pueda sacarme la duda. Saludos
 
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