Abre una carpeta cualquiera y entra en Herramientas, Opciones de carpeta, Ver, Configuración avanzada, Archivos y carpetas ocultos y marca Mostrar archivos, carpetas y unidades ocultos.
Más abajo puedes desmarcar Ocultar archivos protegidos del sistema operativo (recomendado) (esta opción sólo en el caso de que aún no te aparezcan) y desmarca también Ocultar las extensiones de archivo para tipos de archivo conocidos.
Le das a Aplicar y luego arriba a Aplicar a las carpetas (esta opción es muy importante, porque aplicará a todas las carpetas que tengas).
Si después de ésto no las encuentras donde deberían de estar, deberás utilizar el buscador del menú Inicio y buscarlos por su nombre.
Pásale también a tu Pc el Malwarebytes y el Adwcleaner, ya que hay virus que ocultan los archivos.