A mi nunca me han penalizado ( también porque llevo poco en esto ) pero según tengo entendido hay dos tipos de penalizaciones la manual, la cual te sale el motivo en el google webmaster tools y la algorítmica...
Yo para comprobar si otras webs han sido penalizadas uso la herramienta SEMRush, y si veo un bajón bastante drástico y la fecha coincide con una actualización del algoritmo de google.
Pero si en la web es tuya, echale un vistazo a GWT, trackea tus keywords, tráfico etc.. si ves una bajada muy muy pronunciada pues es posible que te hayan dado pal pelo xD
Un saludo