Antiguamente la mayoría de "portales" venían o bien con dos barras laterales y en el centro el contenido, o bien con la barra a la izquierda. Todo lo que había en la barra izquierda daba pasta. Luego los blogs empezaron a salir con la sidebar a la derecha, no entiendo el motivo, supongo que para primar el texto, pues la peña suele fijarse en la izquierda.
Debes probar varias combinaciones y elegir la que más rendimiento te de.
Prueba al menos una semana con cada combinación, y luego decide. Pero de manera seria, es decir, si una combinación te da pasta, pues a por ella, pasando del diseño y de tal o cual widget o de lo que sea.
Y ten cuidado con los themes, hay themes que distraen tanto al usuario que no clickean en los anuncios.
Hay themes que son un puto mareo, y la gente se larga. Si, muy bonitos, muy diseño cool última ola, pero en cuestion de pasta NADA, y lo que es peor, algunos hacen huir al visitante sin tan siquiera leer lo que está buscando. Y otros themes hasta hacen más lenta la carga, así que ojo.