Creo que esa es la publicidad de kontextua que incluyen mediante un javascript. Pero para hacerlo manualmente basta con incluir en tu theme los espacios para publicidad en dos divs flotantes alineados a la derecha y a la izquierda:
<div style="float: left">
PUBLI IZQUIERDA
</div>
<div style="float: right">
PUBLI DERECHA
</div>