Normalmente (aunque no siempre) si pides varios presupuestos verás que los freelances o sea, los autónomos de toda la vida, suelen ser más baratos que las agencias.
Esto suele ser así porque normalmente las agencias tienen más gastos fijos y administrativos que repercuten a sus precios. Por otra parte, es más fácil que los autónomos se conformen con menos, por lo que comentábamos antes, cosa que algunas agencias no pueden permitirse.
Por otro lado, las agencias suelen tener un diseñador y un programador, incluso a veces un project manager, con lo que debería ser más seguro que se cumplan los plazos, aunque estos sean un poco mayores. O al menos eso es lo que percibe el cliente final, que en ocasiones puede tener la sensación que un freelancer puede "desaparecer" en cualquier momento.
Esto que parece que no venga a cuento con los precios en realidad está totalmente relacionado. Un cliente paga precio de "agencia" porque quiere más estabilidad, seguridad, solvencia, etc. Aunque eso pueda no ser cierto, es lo que percibe. Prefiere pagar más a cambio de todo eso.