No es que penalicen sino que no los tiene demasiado en cuenta. Es normal que si tienes varios proyectos aunque estén en un mismo alojamiento enlaces entre ellos ya que son tuyos e incluso pueden ser de la misma temática. Es recomendable hacerlos nofollow precisamente para que Google vea que tu intención no es la de manipular.
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Añado que yo personalmente no me gusta enlazar entre mis proyectos por el poco valor que tienen esos links si no has ocultado tu autoría.