Al estar encendiéndose entra a la BIOS, una vez allí ve al apartado "BOOT" con las flechas elige que el sistema se inicie desde CD, luego guardar y salir. Introduce el disco de Windows antes que se reinicie.
Luego cargará los archivos necesarios para que te dé paso a un asistente de instalación, una vez allí deberás elegir en que disco local instalar windows, para ello deberás formatear tal disco. Generalmente es el disc local C.
Al formatearse ese disco para luego instalar nuevamente Windows, se perderá toda información allí presente. Es por ello que siempre recomiendo tener sus archivos en otro disco local diferente a donde este instalado el Sistema Operativo.