Ayuda, Error editando el Themes de mi web

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Foreros, Amigos, Compañeros y Desconocidos... Creo este post porque ya mis neuronas se han quemado y necesito su ayuda.

Estoy editando la plantilla de mi Web para mostrar dos categorías diferentes una debajo de la otra, ya una he podido dividir la web en dos categoría GRACIAS a @jonay.


Así se ve la web con la web en la primera fase de edición:
8B4lPuv.png




Este es el Index.php de mi web:
Código: 
<?php $options = get_option('portal'); ?>
<?php get_header(); ?>
<div id="page">
	<div class="content">


		<article class="article">
			<div id="content_box">
				<?php 
				if (have_posts()) :
				if(is_home() or is_front_page()){
					global $query_string;
					query_posts($query_string.'&cat=3');
				}
				while (have_posts()) : the_post();
				?>
			
<div class="post excerpt <?php echo (++$j % 3 == 0) ? 'last' : ''; ?>">					
						<header>
							<a href="<?php the_permalink() ?>" title="<?php the_title(); ?>" rel="nofollow" id="featured-thumbnail">
								<?php if ( has_post_thumbnail() ) { ?> 
									<?php echo '<div class="featured-thumbnail">'; the_post_thumbnail('homepage',array('title' => '')); echo '</div>'; ?>
								<?php } else { ?>
									<div class="featured-thumbnail">
										<img width="200" height="110" src="<?php echo get_template_directory_uri(); ?>/images/nothumb.png" class="attachment-featured wp-post-image" alt="<?php the_title(); ?>">
									</div>
								<?php } ?>
							</a>
							<h2 class="title">
								<a href="<?php the_permalink() ?>" title="<?php the_title(); ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a>
							</h2>
						</header><!--.header-->
						<div class="post-content image-caption-format-1">
							<?php echo excerpt(15);?>
						</div>
					


					</div><!--.post excerpt-->
				<?php endwhile; else: ?>
					<div class="post excerpt">
						<div class="no-results">
							<p><strong><?php _e('There has been an error.', 'mythemeshop'); ?></strong></p>
							<p><?php _e('We apologize for any inconvenience, please hit back on your browser or use the search form below.', 'mythemeshop'); ?></p>
							<?php get_search_form(); ?>
						</div><!--noResults-->
					</div>
				<?php endif; ?>
				<?php if ($options['mts_pagenavigation'] == '1') { ?>
					<?php pagination($additional_loop->max_num_pages);?>
				<?php } else { ?>
					<div class="pnavigation2">
						<div class="nav-previous"><?php next_posts_link( __( '← '.'Older posts', 'mythemeshop' ) ); ?></div>
						<div class="nav-next"><?php previous_posts_link( __( 'Newer posts'.' →', 'mythemeshop' ) ); ?></div>
					</div>
				<?php } ?>
			</div>
		</article>


		<?php get_sidebar(); ?>
<?php get_footer(); ?>



He copiado este codigo del mismo Index.php y lo he duplicado:
Código: 
		<article class="article">
			<div id="content_box">
				<?php 
				if (have_posts()) :
				if(is_home() or is_front_page()){
					global $query_string;
					query_posts($query_string.'&cat=2,3');
				}
				while (have_posts()) : the_post();
				?>
			
<div class="post excerpt <?php echo (++$j % 3 == 0) ? 'last' : ''; ?>">					
						<header>
							<a href="<?php the_permalink() ?>" title="<?php the_title(); ?>" rel="nofollow" id="featured-thumbnail">
								<?php if ( has_post_thumbnail() ) { ?> 
									<?php echo '<div class="featured-thumbnail">'; the_post_thumbnail('homepage',array('title' => '')); echo '</div>'; ?>
								<?php } else { ?>
									<div class="featured-thumbnail">
										<img width="200" height="110" src="<?php echo get_template_directory_uri(); ?>/images/nothumb.png" class="attachment-featured wp-post-image" alt="<?php the_title(); ?>">
									</div>
								<?php } ?>
							</a>
							<h2 class="title">
								<a href="<?php the_permalink() ?>" title="<?php the_title(); ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a>
							</h2>
						</header><!--.header-->
						<div class="post-content image-caption-format-1">
							<?php echo excerpt(15);?>
						</div>
					


					</div><!--.post excerpt-->
				<?php endwhile; else: ?>
					<div class="post excerpt">
						<div class="no-results">
							<p><strong><?php _e('There has been an error.', 'mythemeshop'); ?></strong></p>
							<p><?php _e('We apologize for any inconvenience, please hit back on your browser or use the search form below.', 'mythemeshop'); ?></p>
							<?php get_search_form(); ?>
						</div><!--noResults-->
					</div>
				<?php endif; ?>
				<?php if ($options['mts_pagenavigation'] == '1') { ?>
					<?php pagination($additional_loop->max_num_pages);?>
				<?php } else { ?>
					<div class="pnavigation2">
						<div class="nav-previous"><?php next_posts_link( __( '← '.'Older posts', 'mythemeshop' ) ); ?></div>
						<div class="nav-next"><?php previous_posts_link( __( 'Newer posts'.' →', 'mythemeshop' ) ); ?></div>
					</div>
				<?php } ?>
			</div>
		</article>



Así se ve la web con la web luego de agregarle el codigo:
gDjkEx4.png



Al final, las categorías quedan en el lugar que quiero, pero no queda en orden como el código principal.


Este es el codigo del Index.php luego que agrege el ultimo codigo:
Código: 
<?php $options = get_option('portal'); ?>
<?php get_header(); ?>
<div id="page">
	<div class="content">


		<article class="article">
			<div id="content_box">
				<?php 
				if (have_posts()) :
				if(is_home() or is_front_page()){
					global $query_string;
					query_posts($query_string.'&cat=2,3');
				}
				while (have_posts()) : the_post();
				?>
			
<div class="post excerpt <?php echo (++$j % 3 == 0) ? 'last' : ''; ?>">					
						<header>
							<a href="<?php the_permalink() ?>" title="<?php the_title(); ?>" rel="nofollow" id="featured-thumbnail">
								<?php if ( has_post_thumbnail() ) { ?> 
									<?php echo '<div class="featured-thumbnail">'; the_post_thumbnail('homepage',array('title' => '')); echo '</div>'; ?>
								<?php } else { ?>
									<div class="featured-thumbnail">
										<img width="200" height="110" src="<?php echo get_template_directory_uri(); ?>/images/nothumb.png" class="attachment-featured wp-post-image" alt="<?php the_title(); ?>">
									</div>
								<?php } ?>
							</a>
							<h2 class="title">
								<a href="<?php the_permalink() ?>" title="<?php the_title(); ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a>
							</h2>
						</header><!--.header-->
						<div class="post-content image-caption-format-1">
							<?php echo excerpt(15);?>
						</div>
					


					</div><!--.post excerpt-->
				<?php endwhile; else: ?>
					<div class="post excerpt">
						<div class="no-results">
							<p><strong><?php _e('There has been an error.', 'mythemeshop'); ?></strong></p>
							<p><?php _e('We apologize for any inconvenience, please hit back on your browser or use the search form below.', 'mythemeshop'); ?></p>
							<?php get_search_form(); ?>
						</div><!--noResults-->
					</div>
				<?php endif; ?>
				<?php if ($options['mts_pagenavigation'] == '1') { ?>
					<?php pagination($additional_loop->max_num_pages);?>
				<?php } else { ?>
					<div class="pnavigation2">
						<div class="nav-previous"><?php next_posts_link( __( '← '.'Older posts', 'mythemeshop' ) ); ?></div>
						<div class="nav-next"><?php previous_posts_link( __( 'Newer posts'.' →', 'mythemeshop' ) ); ?></div>
					</div>
				<?php } ?>
			</div>
		</article>







		<article class="article">
			<div id="content_box">
				<?php 
				if (have_posts()) :
				if(is_home() or is_front_page()){
					global $query_string;
					query_posts($query_string.'&cat=2,3');
				}
				while (have_posts()) : the_post();
				?>
			
<div class="post excerpt <?php echo (++$j % 3 == 0) ? 'last' : ''; ?>">					
						<header>
							<a href="<?php the_permalink() ?>" title="<?php the_title(); ?>" rel="nofollow" id="featured-thumbnail">
								<?php if ( has_post_thumbnail() ) { ?> 
									<?php echo '<div class="featured-thumbnail">'; the_post_thumbnail('homepage',array('title' => '')); echo '</div>'; ?>
								<?php } else { ?>
									<div class="featured-thumbnail">
										<img width="200" height="110" src="<?php echo get_template_directory_uri(); ?>/images/nothumb.png" class="attachment-featured wp-post-image" alt="<?php the_title(); ?>">
									</div>
								<?php } ?>
							</a>
							<h2 class="title">
								<a href="<?php the_permalink() ?>" title="<?php the_title(); ?>" rel="bookmark"><?php the_title(); ?></a>
							</h2>
						</header><!--.header-->
						<div class="post-content image-caption-format-1">
							<?php echo excerpt(15);?>
						</div>
					


					</div><!--.post excerpt-->
				<?php endwhile; else: ?>
					<div class="post excerpt">
						<div class="no-results">
							<p><strong><?php _e('There has been an error.', 'mythemeshop'); ?></strong></p>
							<p><?php _e('We apologize for any inconvenience, please hit back on your browser or use the search form below.', 'mythemeshop'); ?></p>
							<?php get_search_form(); ?>
						</div><!--noResults-->
					</div>
				<?php endif; ?>
				<?php if ($options['mts_pagenavigation'] == '1') { ?>
					<?php pagination($additional_loop->max_num_pages);?>
				<?php } else { ?>
					<div class="pnavigation2">
						<div class="nav-previous"><?php next_posts_link( __( '← '.'Older posts', 'mythemeshop' ) ); ?></div>
						<div class="nav-next"><?php previous_posts_link( __( 'Newer posts'.' →', 'mythemeshop' ) ); ?></div>
					</div>
				<?php } ?>
			</div>
		</article>






		<?php get_sidebar(); ?>
<?php get_footer(); ?>




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