yo no las indexo porque suelen contener páginas con el mismo contenido que la portada, los tags, etc .. pero hay mucha discusión al respeto. realmente probé de las dos formas y no noto diferencia porque al fin al cabo obtendrán mejores posiciones las urls de tu web que trabajes y una categoria da poco juego para añadir textos y demás. por contenido duplicado tampoco te molestes porque no debieras tener mayor problema.
siempre me hice la misma pregunta, hasta pregunte a varios top contributor de google y por lo general dicen que no se debieran indexar, pero que tampoco es importante ya que el 99% de las personas las indexa. no se si te liaría más :dale2: