A ver, ayer mismo estuve trabajando en ello en mi web. El problema es el siguiente:
Si yo, por ejemplo, tengo una categoría de "bebidas alcohólicas", y, a parte, tengo dos tags, uno para las bebidas fermentadas, y otro para las destiladas, puede ocurrir lo siguiente:
1. Google encuentra mi post sobre la cerveza en "www.bebidas.com /bebidas-alcoholicas/cerveza"
2. Google encuentra mi post sobre la cerveza en "www.bebidas.com /tag/fermentadas/cerveza"
Es el mismo post, pero en 2 urls, y eso es contenido duplicado. Si eso sucede en cada post (puede ser, que por cada post tengas 5 o 6 urls), estás tirando bombas a tu propio site.
Es por ello que se recomienda no indexar los tags y, en menor medida, las categorías. Y por eso Yoast ofrece esa opción.
Por otro lado, poner las meta-keywords, hombre, entre ponerlas y no ponerlas, pues por ponerlas tampoco va a pasar nada. Pero que vaya, según he podido ver en muchas conferencias y leído en muchos artículos, hace mucho que se dejaron de guiar por esos criterios.
Y la prueba es simple: no hay ni una solo punto del examen del post (estos circulitos rojos/amarillos/verdes que aparecen mientras escribes el post) que hagan referencia a las meta-keywords. Puedes dejar ese recuadro en blanco, que tu post seguirá teniendo todos los puntos en verde.