Muy buenas.
A la hora de registrar unos diseños deberás diferenciar entre la aplicación web, pues lo que deberas de registrar será el código fuente, y por otro lado, las ilustraciones, es decir, logos, imágenes, etc. Para ello deberás registrarlo mediante Copyright
A su vez, me gustaría comentarte que si el desarrollo es propio, es decir, estas desarrollando un proyecto para tí mismo, no hay problema, pero si lo estas haciendo para un tercero, estaría bien que añadas una cláusula que diga que hasta que no se te pague el 100% del precio pactado, todas las ilustraciones y códigos fuente, etc. Seguirán siendo de tu propiedad