Exceptuando que tengan un valor real para el usuario. Digamosq ue el filtro por Tag o Cateogory realmente tenga una valor por el que el usuario quiera usarlos, JAMAS los indexes.
Ejemplo de esto seria una web de venta de hardware, donde supongamos que los tags son las marcas y las categorías los productos, ahí si tendría sentido indexarlos, ya que podrías armar toda una pc buscando componentes únicamente "Corsair" independientemente de que componente sea, y el tag de la marca ayuda realmente a encontrar eso.
No es lo mismo que una sub-categoría ya que si bien podrias poner Corsair dentro de Coolers, corsair dentro de procesadores y así. nunca podrías buscar TODO lo Corsair si no es con el tag general. Si bien el buscador de la web puede ayudar en ese sentido, la búsqueda consume muchos recursos y es mas lenta.
Y tampoco suele arrojar resultados estéticamente agradables.