Te dejo mi experiencia con ambos.
Yo trabajo con los dos , te dejo las ventajas que tiene uno y las deventajas para que lo valores:
Opencart:
-Ventajas: El mejor para seo de todos los cms de tiendas online con diferencia
Curva de aprendizaje relativamente rapida o muy rapida
Sencillo , intuitivo y de instalacion muy facil
Con las extensiones por defecto te en principio te sobra
Las versiones son duraderas y estables
-Desventajas: Hay poca comunidad si tienes porblemas o dudas
Poca cantidad de diseños o plantillas
Prestashop:
-Ventajas: Hay una comunidad enorme y podras resolver tus dudas en los foros son pega alguna
Tiene una cantidad de modulos enorme para instalar ( Muchos de pago al igual que Opencart, pero este tiene menos)
Gran comunidad de desarrolladores
Curva de aprendizaje rapida
Muy bueno para multitiendas
Integrado de serie para veriones moviles
-Desventajas:
No es muy bueno para seo, pero es solucionable
los diseños de plantillas son algo caros ( ultimamente responsive,html5 y css3)
Tiene que pelearte con los modulos hasta conseguir los que te vayan bien
LAs url amigables no lo son tanto
Tienes que tocar a veces codigo para que quede todo bien y traducir cosillas si la plantilla es en ingles.
Las dos son gratuitas ye estan muy bien, para algo sencillo y que quieras posicionar bien, Opencart, si quieres algo mas completillo con diseños mas bonitos pero menos facilidad para posicionar, Prestashop.
Si has seobrevivido a este post, enhorabuna.